Иногда активировав модуль отображения категорий virtuemarta, у вас они показываеются не в той последовательности в которой вы их создали в админке, чтобы это исправить нужно внести изменения в необходимом модуле (зависит от выбранного стиля отображения меню).
Например, если задано отображение меню в стиле TransMenu, то надо в файле
mod_virtuemart\vm_transmenu\Shop_Menu.php

и внесити изменения в запрос SQL на строке 36:

$query = "SELECT category_id as id, list_order, category_parent_id as parent, category_name as name, '' as type, CONCAT('index.php?option=com_virtuemart&page=shop.browse&category_id=', category_id ) AS link, '-1' as browserNav, list_order FROM #__{vm}_category, #__{vm}_category_xref WHERE #__{vm}_category.category_publish='Y' AND #__{vm}_category.category_id=#__{vm}_category_xref.category_child_id ORDER BY list_order ASC, name ASC";